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对59例egfr突变的晚期nsclc患者的肿瘤活检标本进行了检测，这些患者以前在1g/2gtki上经历过pd。在38例(63%)患者中检测到egfrt7901g/2gtki的中位ttp为10.3个月(范围为1.3-75.8个月)，t790组和t790组分别为7.4月和13.6个月(hr，1.64;95%ci，0.95-2.83;p=0.07;补充图s5)。在t790和t790组之间，之前接受治疗的情况没有差异，包括作为最后线治疗的egfrtki(65.8%vs.61.9%，p=0.76)、以前使用过化疗(76%vs.66%，p=0.75，wilcoxon检验)，或化疗暴露的持续时间(平均215天vs.175天，p=0.75)。与以前的报告一致，显微镜下的组织学转化是罕见的，一例鳞状转化(a450)和另一例混合腺癌小细胞组织学(a092)在基线和耐药后都观察到了。
t790和t790疾病状态的基因组图谱
我们首先评估了我们队列中的体细胞基因组改变（除egfrt790）与38例晚期egfr突变非小细胞肺癌患者的治疗初期队列（wes数据）的患病率差异。tp53snv改变在tki耐药人群（63%）中比治疗初期人群（45%）更为普遍。此外，我们检测到与治疗初期肿瘤相比，治疗耐药肿瘤中tert和编码于14q22的三个基因（ptgdr、sav1和sos2）的基因组扩增率总体较低。接下来，通过比较t790和t790，我们试图确定先前报道的并确定潜在的新的治疗可处理耐药机制?抗tki的样品。5例（8%）患者出现t改变，主要发生在t790患者队列。在一名患者（a056）中，检测到导致t外显子14跳跃（tex14）的剪接位点缺失，外显子14处的转录缺失通过rnaseq数据验证。该患者还表现出染色体臂7p缺失（egfr突变缺失）和12q扩增（包含和cdk4，通常用tex14扩增）。同样，我们没有在另一名t790患者中检测到原发性外显子19缺失/l858r突变（a058），表明失去激活egfr突变是获得性耐药真正罕见的机制。pik3ca突变（n=10，17%）和her2扩增（n=4，7%）是常见的，但基于t790态没有差异（分别为p=0.69和p=0.54），尽管耐药肿瘤中pik3ca改变的频率（17%）总体上高于晚期治疗未经egfr突变肿瘤的患者（5%，p=0.09）。在pik3ca突变中，值得注意的是，大多数是克隆的（n=5/7），并且由clinvar注释为可能致病的（n=6/7）综上所述，这表明pi3k信号在介导tki抵抗中的作用独立于t790态。鉴于keap1和nfe2l2共突变在产生治疗抵抗中的潜在作用。然而，我们没有在队列中检测到任何nfe2l2突变，我们只在t790肿瘤（a449）中检测到一个keap1突变。
tp53改变是在大约一半的egfr突变的肿瘤中发现的早期克隆事件。与t790患者相比，t790患者tp53基因突变显著丰富(86%vs.50%，p=0.01)，其中大部分(n=36/37，97%)为早期克隆事件(n=36/37，97%)，与t790患者相比差异有显著性(p=0.01)。此外，和yeats4扩增在t790患者中更为常见，且与tp53突变互斥(p=0.004)。这两个基因位于同一染色体位置，负调控tp53。正如我们和其他人以前报道的，已知的癌症驱动基因突变的数量越多，多变量分析的ttp越短(hr，1.41；95%ci，1.09-1.81；p=0.008；补充图s8a)。特别是，并发的rb1/tp53改变(n=5)与t790态无关的ttp密切相关，与最近的一份报告一致。
拷贝数分析发现，wgd是常见的，与治疗初期egfr突变肿瘤中观察到的比率(88%vs.89%)相当。然而，在7名(12%)没有wgd的患者中，所有人都是t790(嵌入图像测试，p=0.04)，并且有egfr外显子19的缺失，这表明wgd的缺失预示着t790耐药疾病的出现。在t790和t790肿瘤之间，基因组不稳定指数(gii；中位数分别为52%和55%)没有差异，也没有发现tp53共突变与gii增加相关。t790患者的肿瘤突变负荷高于t790患者(t中位数为2.36vs.1.66个突变/，p=0.02，图1c；补充图1c、s9a)，可能是由于t790队列中的吸烟者数量较多
接下来，我们检查了t790患者3q23(包含pik3cb、as和foxl2等基因)和t790患者14q21(包含foxa1和nkx2-1)与t790态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件(补充图s10)。值得注意的是，3qar增在t790组(57%)高于t790组(13%)，并且是唯一有统计学意义的ar平事件(图1e，eeddedige-testp≤0.001)。我们证实了染色体3q基因(包括sox2)在3q臂增加的患者中有较高的表达(补充图s11c)。为了了解tki治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。在治疗-初始队列中，38例中有7例(18%)出现了3q增加(补充图s3)肿瘤。这一结果明显低于t790(p=0.003)，但与t790患者相似(p=0.53)，提示3q扩增可能是t790肿瘤特异获得的。有趣的是，染色体3q含有鳞状细胞系转录因子tp63和sox2，是肺鳞状细胞癌的主要特征，但以前与肺腺癌无关。
接下来，我们研究了与egfrtki耐药相关的突变过程。在肺腺癌中发现了公认的突变特征，即衰老、apobec、dna双链断裂修复、吸烟和dna错配修复。与t790相比，egfrt790药肿瘤对衰老信号的相对贡献率更高，这与egfrt790突变的三核苷酸背景下a[c&a;a;a;a;a;gt;t]g的最高概率核苷酸变化一致(补充图3s12和s13)。相反，与t790肿瘤相比，非衰老特征(吸烟、载脂蛋白bec和dna修复)在t790中的比例显著高于t790肿瘤，暗示了驱动t790抗性的另一种突变过程。总体而言，这表明t790药性可能不太可能出现在具有较大比例的活跃的非衰老突变特征(例如吸烟/apobec特征)的肿瘤中。