下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。
因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞燕子矶南的“文天祥”鱼雷快艇中队4艘也于112日夜驰去大通，12月13日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；日海军舰艇通过封锁线到达下关江面，日军第16师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中国军队官兵被日海军及第16师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤。宪兵副司令萧山令即死于半渡之中。与此同时，日军各师已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内；原在镇江的天谷支队已渡过长江，正向扬州前进中；国崎支队已至江浦，正向浦口前进中。已渡至江北的中国军队沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根据中国大本营的指示，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区。南京保卫战基本结束。
参战部队
中国方面
第2军团第4师
第66军第159、第160师
第77师；师长孙元良，德械部队，时为中国最精锐部队
第72军第88师；师长王敬久，德械部队，gd精锐军
第74军第5师
第78军第36师
第56师；军长叶肇、副军长邓龙光
教导总队第103、第112师；队长桂永清
宪兵部队三个团
卫戍司令长官唐生智
副司令罗卓英
约10余万人
日本方面
日本军队由华中方面军任主力，主要由上海派遣军和第十军构成。此外，还有通信部队、铁道部队、航空部队、工兵部队、兵站部队等。
华中方面军司令官：陆军大将松井石根
上海派遣军司令官：陆军中将朝香宫鸠彦王
第三师团先遣队联队长：陆军大佐鹰森孝
第九师团师团长：陆军中将吉住良辅
第十六师团师团长：陆军中将中岛今朝吾
山田支队第十三师团一部歩兵第百三旅团长：陆军少将山田栴二
第十军司令官：陆军中将柳川平助
第六师团师团长：陆军中将谷寿夫
第十将牛岛贞雄
第百十四师团师团长：陆军中将末松茂治
国崎支队第五师团歩兵第九旅团支队长：陆军少将国崎登
战斗结果
中国方面军人约五万余人，包括平民估计超过三十万人丧生
南京保卫战中牺牲的国军将领
萧山令：南京卫戌司令部参谋长，1937年12月13日牺牲于南京下关码头。追赠陆军中将。
罗策群：第159师副师长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
高致嵩：第937年12月12日牺牲于南京中华门。追赠陆军中将。
朱赤：第2日牺牲于南京中华门。
易安华：第2日牺牲南京莫愁湖。
李兰池：第57军副旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京太平门。
司徒非：第160师参谋长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
姚中英：第157师参谋长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
谢承瑞：教导总队第一旅二团上校团长12月13日凌晨始受命撤往下关，在挹江门因身体虚弱被拥挤失控的人群踩倒身亡。后追赠宪兵少将。
以上将领尸骸无一从南京城中运出
南京保卫战战果：
南京保卫战打死日军三千余人，打伤九千余人，合计毙伤日军一万二千余人。